Vođeni nadom da će sloboda uskoro doći, Nišlije započinju gradnju velike Saborne crkve, čiji su temelji osvećeni 18. oktobra 1856. godine. Ugovor o izgradnji hrama prema projektu arhitekte – protomajstora Andreje Damjanovića potpisan je 12. maja 1857. godine sa blagoslovom episkopa Joanićija II uz prisustvo predstavnika varoši i esnafa.
Građevinski radovi na velikoj Sabornoj crkvi završeni su 1872. godine, a osvećena tek posle oslobođenja od turaka 13. februara 1878. godine, kaže dr Miša Rakocija iz Zavoda za zaštitu spomenika Niš, praveći lagano uvod u priču kako je, zapravo trebala da izgleda Saborna crkva u Nišu.
“Kneževina Srbija je pomagala nišku eparhiju i tražila je od Nišlija da sagrade Sabornu crkvu “visoku i uočljivu već od Stalaća” kako bi nadmašila svih sedam džamija, koliko ih je tada bilo u Nišu. Tu je nastao problem. Koliko su se Srbi radovali izgradnji Sabornog hrama, toliko su Turci protestvovali zbog veličine crkve koja će visinom nadmašiti minareta džamija”.
Pritisak na Zejnel pašu je bio velik i on čini napor da smiri Turke uz obrazloženje da će raja potrošiti sve pare na izgradnju crkve te neće imati za kupovinu oružija. Srbe je paša ubeđivao da će se crkva srušiti zbog visine kubeta. I pored toga što je protomajstor garantovao da su kubeta stabilna, pašina je bila poslednja, pa je kula zvonika skraćena zajedno sa kupolom.
“Tako je zbog protesta niških turaka kod Zejnel paše, Andreja Damjanović morao da odstupi od plana i u potpunosti izmeni i smanji projektovanu visinu kule zvonika. Kako je po planu trebala da izgleda kula zvonika saznali smo nedavno zahvaljujući sačuvanom originalnom projektu iz 1856. godine potpisan od protomajstora, što označava arhitektu, Andreje Damjanovića: „Protomajstor Andreje Damjanović ot Veles“.
Po svojoj monumentalnosti Saborna crkva je izraz stare srpsko-vizantijske umetnosti sa elementima renesanse i baroka.
Sputanost graditelja zbog „zabrinutosti“ Zejnel paše da se kube zvonika ne sruši zbog svoje visine i zahteva protomajstoru da ga svede na „razumnu“ meru, rezultiralo je time da vitka barokna kupola nikad nije realizovana.
“Zato je, kao neki patrljak, izveden samo kubus „presečene“ kule zvonika čija je visina neuobičajeno jednaka sa krovom naosa i niža od kubeta crkve, što je umnogome doprinelo skromnijem izgledu crkve. Originalna projektovana zamisao kule zvonika Nišlijama je ostala nepoznata i zaboravljena”.
12. oktobra 2001. godine stradala u velikom požaru. Ikonostas crkve koji je kompletno nastardao u požaru, sastojao se od 48 slikanih kompozicija rađenih uljem na platnu.
Freska Sv. car Кonstantin i carica Jelena, rad slikara Vladimira Predojevića na zapadnom zidu Saborne crkve, koja je ostala neoštećena u požaru.
Kraj Saborne crkve je Mala saborna crkva, Svetog Arhanrela Mihaila i Gavrila, zapadno od zgrade niške eparhije. Hram je sagrađen i osvećen 1819. godine na temeljima još starije crkve.
Zbog protivljenja Turaka, koji nisu dozvolili da bude višlja od njihove džamije, crkva je svojim većim delom ukopana u zemlju. Crkvu krasi ikonostas sa početka 19. veka.
Izrađen je u duborezu od lipovog drveta i predstavlja stilizovane biljne i zoomorfne motive.
Sastoji se od 72 ikone od kojih su posebno vredne prestone ikone nastale 1815. godine pre završetka crkve.