Crkva Svetog Nikole nalazi se u podnožju istoimenog brda, u južnom delu grada zvanom Palilula.
Smatra se da je na lokaciji današnje crkve bila sagrađena crkva Sv. Prokopija, koja se pominje još 1204. godine kao katedralna crkva novo ustanovljene niške eparhije.
Posle obnove Pećke patrijaršije početkom 17. veka, na temeljima ove stare sagrađena je nova crkva Sv. Nikole. Crkva je uništena 1690. godine od strane Turaka, a 1722. godine ponovo sazidana.
Turci ponovo zauzimaju Niš 1737. godine i hram Sv. Nikole postaje “Fetije-džamija” – pokorena džamija.
1862. godine Mirat paša je porušio ukletu crkvu – džamiju i nešto istočnije 1863. godine sagradio novu. Po oslobođenju od Turaka 1879. godine džamija je ponovo prilagođena potrebama pravoslavne vere i kao crkva Sv. Nikole osvećena od niškog episkopa.
Postoji priča koja kaže da su prilikom poslednje predaje džamije Srbima, Turci rekli: “Kome Bog da vlast nad Nišom, tome on da i ovu kuću za njegovu veru.” 1926. godine dozidan je zvonik.
Današnji izgled sa proširenim oltarskim prostorom crkva dobija rekonstrukcijom 2001/2002. godine.